Институт истории языка и литературы состоит из 9  научных подразделений:

Отдел языкознания
Отдел литературоведения
Отдел истории Башкортостана
Отдел новейшей истории Башкортостана
Отдел археологических исследований
Отдел фольклористики
Отдел этнологии
Лаборатория лингвистики и информационных технологий